nclでlibgfortran.3.dylibが無いとエラーが出る。

$ ncl hakohige_v8_all_gray_hikaku.ncl 
dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libgcc/libgfortran.3.dylib
Referenced from: /opt/local/bin/ncl
Reason: image not found
Abort trap: 6

と出てしまった。

$ ls /opt/local/lib/libgcc/libgfortran.4.dylib 
/opt/local/lib/libgcc/libgfortran.4.dylib

と4はあるのでリンクを貼って走らせ直してみる。

$ sudo ln -sf /opt/local/lib/libgcc/libgfortran.4.dylib /opt/local/lib/libgcc/libgfortran.3.dylib

hakohige 11:40:34 $ ncl hakohige_v8_all_gray_hikaku.ncl 
 Copyright (C) 1995-2017 - All Rights Reserved
 University Corporation for Atmospheric Research
 NCAR Command Language Version 6.4.0
 The use of this software is governed by a License Agreement.
 See http://www.ncl.ucar.edu/ for more details.
fatal:asciiread: Unable to open input file (/Volumes/HDD01/research/analysis/tcdetect3/result05_00-v5-3rd/20004/T1304-wrf-20004-d01-ALERA001-hPa.csv)
fatal:["Execute.c":8640]:Execute: Error occurred at or near line 46 in file hakohige_v8_all_gray_hikaku.ncl

走った。違うエラーが出たけど。笑

Mac上のパワーポイントでプレゼンする時iPhoneをリモコンにする

参考URL
【Remote】MacのPowerPointをリモートコントロールするiPhoneアプリがすごい！ | スキルアクセラレータ インク http://amile.jp/wp/archives/701

詳細は追って。

Google Apps Scriptでメールを送ろうとした時に権限が無いと怒られた時

参考URL
GAS で「一部のスコープへのアクセス権限がありません」と怒られたときの対処法 - Qiita http://qiita.com/zk_phi/items/7220b67afa84c58cc160

URL先通り手順を踏めば、パス出来た。

ncviewが使えなくなった問題

参考URL
Tracking Note: macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題【解決した】 https://trackingnote-yoshi.blogspot.jp/2017/06/macportsncl640.html

リンク先の作業を済ませたあと、ncviewを実行すると

$ ncview
dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libhdf5.100.dylib
Referenced from: /opt/local/bin/ncview
Reason: image not found
Abort trap: 6

libraryが無いとエラーが。

今度はhdf5のlibraryらしいので、確認してみると

$ ls /opt/local/lib/libhdf5.
libhdf5.101.dylib  libhdf5.a          libhdf5.dylib      libhdf5.settings 

だったので、101を100にしてシンボリックリンクを貼ってみた。

$ sudo ln -sf  /opt/local/lib/libhdf5.101.dylib  /opt/local/lib/libhdf5.100.dylib
Password:

この後は、無事にncviewが実行できた。
安心安心。

macvimで「上書きするには 'fenc' を空にしてください」というエラーが出たら

参考URL
'上書きするには 'fenc' を空にしてください' みたいなエラーが出たら. - Log4jpnLog http://d.hatena.ne.jp/yellowpepper/20120701/1341133457

タイトルのようなエラーが出たら

:set fenc=

のように打ち込む。
 escapeを打ち込んでからね！

画像ファイル、ラスター形式とベクター形式の説明ページ

参考URL
今更聞けない画像ファイルの種類と使用する形式の選択 | Flips Blog Web担の小技 http://flipsblog.jp/archives/2055

eps→pngは意味があるけど
png→epsはほとんど意味がない
ということは分かる。
未だに使い分けが出来ていないので、もう少し勉強…しよ（いつか

macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題【解決した】

参考URL

Tracking Note: macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題【解決しなかった】 https://trackingnote-yoshi.blogspot.jp/2017/04/macportsncl640_27.html

気分転換に思い出したようにやってみた。

結論は、macportsを2.4.1にバージョンアップしてから、インストールを実行したところ上手く行った…けど、代わりにgmtが上手くインストールされないという問題が。

ncl6.4.0は実行出来たので、とりあえずgmtの問題は置いておく。
macportsを2.4.1にバージョンアップして以降のログをそのまま残す（長くてごめんなさい

1.ncargのアップグレードをしてみる。

$ sudo port upgrade ncarg
Password:
--->  Computing dependencies for wgrib2
--->  Fetching archive for wgrib2
--->  Attempting to fetch wgrib2-2.0.5_3.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/wgrib2
--->  Attempting to fetch wgrib2-2.0.5_3.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://fco.it.packages.macports.org/mirrors/macports-packages/wgrib2
--->  Attempting to fetch wgrib2-2.0.5_3.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://her.gr.packages.macports.org/wgrib2
--->  Fetching distfiles for wgrib2
--->  Attempting to fetch wgrib2_nolib.tgz.v2.0.5 from ftp://ftp.cpc.ncep.noaa.gov/wd51we/wgrib2/
--->  Attempting to fetch wgrib2_nolib.tgz.v2.0.5 from http://www.ftp.cpc.ncep.noaa.gov/wd51we/wgrib2/
--->  Verifying checksums for wgrib2                                                 
--->  Extracting wgrib2
--->  Applying patches to wgrib2
--->  Configuring wgrib2
--->  Building wgrib2
--->  Staging wgrib2 into destroot
--->  Installing wgrib2 @2.0.5_3
--->  Cleaning wgrib2
--->  Computing dependencies for wgrib2
--->  Deactivating wgrib2 @2.0.5_2
--->  Cleaning wgrib2
--->  Activating wgrib2 @2.0.5_3
--->  Cleaning wgrib2
--->  Computing dependencies for ncarg
--->  Configuring ncarg
Error: ncarg cannot be built while another version of ncarg is active.
Error: Please forcibly deactivate the existing copy of ncarg, e.g. by running:
Error: 
Error:     sudo port -f deactivate ncarg ←これを実行しろと言われた気がした
Error: 
Error: Then try again.
Error: Failed to configure ncarg: ncarg is active
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/main.log for details.
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.

エラーがたくさん出たので、言うことを聞いてみる。

2.既にインストールされているncarg…つまり6.3.0…をdeactiveする。

$ sudo port -f deactivate ncarg 
--->  Unable to deactivate ncarg @6.3.0_9+gcc5, the following ports depend on it: 
--->  py27-nio @1.3.0b1_7+gcc6 
Warning: Deactivate forced.  Proceeding despite dependencies. 
--->  Deactivating ncarg @6.3.0_9+gcc5 
--->  Cleaning ncarg

3.nacrgのアップグレードを再実行する。

$ sudo port upgrade ncarg 
--->  Computing dependencies for ncarg 
--->  Configuring ncarg 
Warning: reinplace s| -lquadmath|| didn't change anything in /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/work/ncl_ncarg-6.4.0/config/Darwin 
Warning: reinplace s|g++$|/usr/bin/clang++| didn't change anything in /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/work/ncl_ncarg-6.4.0/config/Darwin 
Warning: reinplace s|-D__UNIXOS2__|-D__UNIXOS2__ -D__JIRA1530__| didn't change anything in /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/work/ncl_ncarg-6.4.0/config/Darwin 
--->  Building ncarg 
--->  Staging ncarg into destroot 
--->  Installing ncarg @6.4.0_2+gcc5 
--->  Cleaning ncarg 
--->  Computing dependencies for ncarg 
--->  Activating ncarg @6.4.0_2+gcc5 
--->  Cleaning ncarg 
--->  Updating database of binaries 
--->  Scanning binaries for linking errors                
--->  Found 64 broken files, matching files to ports      
--->  Found 5 broken ports, determining rebuild order 
You can always run 'port rev-upgrade' again to fix errors. 
The following ports will be rebuilt: 
py27-nio @1.3.0b1+gcc6 
py27-h5py @2.6.0 
grib_api @1.19.0+gcc5 
gmt5 @5.2.1+gdal+nonfree+pcre 
ncview @2.1.1 
Continue? [Y/n]: Y 　←Yを入力した
--->  Computing dependencies for py27-numpy 
--->  Fetching archive for py27-numpy 
--->  Attempting to fetch py27-numpy-1.13.0_0+gfortran.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/py27-numpy 
--->  Attempting to fetch py27-numpy-1.13.0_0+gfortran.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/py27-numpy 
--->  Installing py27-numpy @1.13.0_0+gfortran 
--->  Cleaning py27-numpy 
--->  Computing dependencies for py27-numpy 
--->  Deactivating py27-numpy @1.12.1_0+gfortran 
--->  Cleaning py27-numpy 
--->  Activating py27-numpy @1.13.0_0+gfortran 
--->  Cleaning py27-numpy 
--->  Computing dependencies for py27-nio 
--->  Fetching archive for py27-nio 
--->  Attempting to fetch py27-nio-1.3.0b1_8+gcc6.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/py27-nio 
--->  Attempting to fetch py27-nio-1.3.0b1_8+gcc6.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://fco.it.packages.macports.org/mirrors/macports-packages/py27-nio 
--->  Attempting to fetch py27-nio-1.3.0b1_8+gcc6.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://her.gr.packages.macports.org/py27-nio 
--->  Fetching distfiles for py27-nio 
--->  Attempting to fetch PyNIO-1.3.0b1.tar.gz from https://www.earthsystemgrid.org/download/fileDownload.htm?logicalFileId=e328ec94-306e-11df-8e89-00c0f03d5b7c&dummy= 
--->  Attempting to fetch PyNIO-1.3.0b1.tar.gz from https://distfiles.macports.org/py-nio 
--->  Verifying checksums for py27-nio 
--->  Extracting py27-nio 
--->  Configuring py27-nio 
--->  Building py27-nio 
--->  Staging py27-nio into destroot 
--->  Installing py27-nio @1.3.0b1_8+gcc6 
--->  Cleaning py27-nio 
--->  Computing dependencies for py27-nio 
--->  Deactivating py27-nio @1.3.0b1_7+gcc6 
--->  Cleaning py27-nio 
--->  Activating py27-nio @1.3.0b1_8+gcc6 
--->  Cleaning py27-nio 
--->  Computing dependencies for py27-h5py 
--->  Fetching archive for py27-h5py 
--->  Attempting to fetch py27-h5py-2.7.0_1.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/py27-h5py 
--->  Attempting to fetch py27-h5py-2.7.0_1.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/py27-h5py 
--->  Installing py27-h5py @2.7.0_1 
--->  Cleaning py27-h5py 
--->  Computing dependencies for py27-h5py 
--->  Deactivating py27-h5py @2.6.0_0 
--->  Cleaning py27-h5py 
--->  Activating py27-h5py @2.7.0_1 
--->  Cleaning py27-h5py 
--->  Computing dependencies for grib_api 
--->  Fetching archive for grib_api 
--->  Attempting to fetch grib_api-1.19.0_2+gcc5.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/grib_api 
--->  Attempting to fetch grib_api-1.19.0_2+gcc5.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://fco.it.packages.macports.org/mirrors/macports-packages/grib_api 
--->  Attempting to fetch grib_api-1.19.0_2+gcc5.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://her.gr.packages.macports.org/grib_api 
--->  Fetching distfiles for grib_api 
--->  Attempting to fetch grib_api-1.19.0-Source.tar.gz from https://software.ecmwf.int/wiki/download/attachments/3473437 
--->  Verifying checksums for grib_api                                                
--->  Extracting grib_api 
--->  Applying patches to grib_api 
--->  Configuring grib_api 
--->  Building grib_api 
--->  Staging grib_api into destroot 
--->  Installing grib_api @1.19.0_2+gcc5 
--->  Cleaning grib_api 
--->  Computing dependencies for grib_api 
--->  Deactivating grib_api @1.19.0_1+gcc5 
--->  Cleaning grib_api 
--->  Activating grib_api @1.19.0_2+gcc5 
--->  Cleaning grib_api 
--->  Computing dependencies for gmt5 
--->  Fetching distfiles for gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ibis.grdl.noaa.gov/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ftp.iris.washington.edu/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ftp.iag.usp.br/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ftp.geologi.uio.no/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://gd.tuwien.ac.at/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://ftp.scc.u-tokai.ac.jp/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from ftp://gmt.mirror.ac.za/pub/gmt 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from https://distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://aarnet.au.distfiles.macports.org/pub/macports/distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://cjj.kr.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://fco.it.distfiles.macports.org/mirrors/macports-distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://her.gr.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://jnb.za.distfiles.macports.org/distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://jog.id.distfiles.macports.org/macports/distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://kmq.jp.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://lil.fr.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://mse.uk.distfiles.macports.org/sites/distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://nou.nc.distfiles.macports.org/pub/macports/distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://nue.de.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://osl.no.distfiles.macports.org/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from https://pek.cn.distfiles.macports.org/macports/distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://sea.us.distfiles.macports.org/macports/distfiles/gmt5 
--->  Attempting to fetch gmt-5.4.1-src.tar.xz from http://ykf.ca.distfiles.macports.org/MacPorts/mpdistfiles/gmt5 
Error: Failed to fetch gmt5: The requested URL returned error: 404 Not Found 
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_gmt5/gmt5/main.log for details. 
Error: rev-upgrade failed: Error rebuilding gmt5 
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.

gmtのエラーはたくさん出たのだけど、一旦nclを実行してみる。

$ ncl
Copyright (C) 1995-2017 - All Rights Reserved
University Corporation for Atmospheric Research
NCAR Command Language Version 6.4.0
The use of this software is governed by a License Agreement.
See http://www.ncl.ucar.edu/ for more details.
ncl 0> 

とりあえず出来た。今日のところはこのくらいにしておくか。

imagemagickを使った画像のトリミングのやり方

参考URL
imagemagickを使った画像の切り出し(crop) - それマグで！ http://takuya-1st.hatenablog.jp/entry/20120411/1334169320

余白をトリミング…ではなく、任意の領域をトリミングする方法。

intel CPU core mシリーズとiシリーズのホームページ

参考URL
Core mシリーズとCore iシリーズの性能比較 http://digitalista51.com/pc/benchmark01

core mシリーズでも、i 3くらいまでなら張れるスピードがあるようだ。
ということを今さら知ったのでメモ。

githubでプログラムを、ターミナルでアップロードする基本的な流れ

今、仮にhoge.f90というプログラムをHOGEというRepository…つまりディレクトリ…に、push…つまりアップロード…したいとすると、

そのRepositoryに初めてpushする時

$ git init
$ git add hoge.f90
$ git commit -m "コメント。日本語でも可。"
$ git remote add origin https://github.com/H1r0ak1Y0sh10ka/HOGE.git
$ git push -u origin master

それ以降

$ git add hoge.f90
$ git commit -m "コメント。日本語でも可。"
$ git push -u origin master

プログラム単位ではなく、そのRepositoryに一度でもpushしたことがあれば、hogehoge.f90をpushする時は、下で大丈夫。

nclの実行時間を測定し表示させる

参考URL
get_cpu_time https://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/get_cpu_time.shtml
Tracking Note: Macでプログラムの実行時間を測定する https://trackingnote-yoshi.blogspot.jp/2017/05/mac.html

昔の自分のほうが賢かった。
nclにもcpuの実行時間を返す関数がある。

cputime_min=get_cpu_time/60
print(sprintf("cputime=%f min",cputime_min))

とすれば、

(0) cputime=0.185446 min

とターミナルに返ってくる。
デフォルトは秒単位なので、上の場合は60で割って分単位に直している。

nclでwrfのアウトプットを高度面、気圧面に内挿する時はループしなくて良い

nclはスクリプト言語で、ループの数を減らすことが実行時間の短縮につながるのだが…

参考URL
wrf_user_intrp3d https://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/WRF_arw/wrf_user_intrp3d.shtml

今までこの関数を使う時、馬鹿正直に鉛直層数分ループして、内挿させていたが、ループしなくていいじゃないか（公式もそう書いてあった）

つまり...

height = (/1800,2000,2200/) ;meter
n_height = dimsizes(height)
do iz = 0,n_height-1,1
vv_levs(iz,:,:)   = wrf_user_intrp3d(vv(:,:,:),zz(:,:,:),"h", height(iz),0.,False)
end do

ではなく、

height = (/1800,2000,2200/) ;meter
vv_levs(:,:,:) = wrf_user_intrp3d(vv(:,:,:),zz(:,:,:),"h", height,0.,False)

で、良い。笑
これで一つループを減らせる。

Macでプログラムの実行時間を測定する

参考URL
Windows＆Mac両対応　コマンド大事典 - ［time］コマンドの実行時間を知りたい（Macのみ）：ITpro http://itpro.nikkeibp.co.jp/atcl/column/15/042000103/080600050/?rt=nocnt

nclが実行される時間をどうやって測るのか…と思ったけど、結局timeコマンドになりそう。

$ time ncl wrf_SkewT1.ncl 
 Copyright (C) 1995-2015 - All Rights Reserved
 University Corporation for Atmospheric Research
 NCAR Command Language Version 6.3.0
 The use of this software is governed by a License Agreement.
 See http://www.ncl.ucar.edu/ for more details.
（中略）
real 0m31.404s
user 0m13.747s
sys 0m3.872s

ちなみに

real：プログラムの呼び出しから終了までにかかった実時間（秒）
user：プログラム自体の処理時間（ユーザーCPU時間・秒）
sys：プログラムを処理するために、OSが処理をした時間（システム時間・秒）

基本的には、realの時間をチェックしておけば問題ない。
userもたまには必要になることがあるかな。

nclのスクリプトでmkdirする方法

参考URL
systemfunc https://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/systemfunc.shtml

nclのスクリプトでmkdirする方法。
公式HPにも載っているけども。

OUT_dirc = "/Volumes/HDD01/research/ncl/wrf/track/"←directoryのパス
ret = systemfunc("test -d "+OUT_dirc+"; echo $?")
if(ret .eq. 0) then
print("--> "+OUT_dirc+": exists")                  ;-- do what you want to do
else if(ret .eq.1) then
print("--> "+OUT_dirc+": doesn't exist: create")   ;-- create the desired directory
system("mkdir " + OUT_dirc)
end if
end if

とすれば、スクリプト内でdirectoryが存在しない時に、OUT_dircをmkdirする。

ちなみに、testコマンドはこちら

Linuxコマンド集 - 【 test 】 条件式の真偽を判定する：ITpro http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060227/230901/

macportsでvaporをインストールできない問題【未解決】

Macportsでvaporを気分転換にインストールしようとしたら…

$ sudo port install vapor
Password:
--->  Computing dependencies for py27-certifi
--->  Fetching archive for py27-certifi
--->  Attempting to fetch py27-certifi-2017.04.17_0.darwin_16.noarch.tbz2 from https://packages.macports.org/py27-certifi
--->  Attempting to fetch py27-certifi-2017.04.17_0.darwin_16.noarch.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/py27-certifi
--->  Installing py27-certifi @2017.04.17_0
--->  Cleaning py27-certifi
--->  Computing dependencies for py27-certifi
--->  Deactivating py27-certifi @2017.01.23_0
--->  Cleaning py27-certifi
--->  Activating py27-certifi @2017.04.17_0
--->  Cleaning py27-certifi
--->  Computing dependencies for vapor
The following dependencies will be installed: 
 assimp2
 glew
 libmng
 py27-scipy
 qt4-mac
 swig
 swig-python
Continue? [Y/n]: Y    
--->  Fetching archive for assimp2
--->  Attempting to fetch assimp2-2.0.863_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/assimp2
--->  Attempting to fetch assimp2-2.0.863_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://fco.it.packages.macports.org/mirrors/macports-packages/assimp2
--->  Attempting to fetch assimp2-2.0.863_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://her.gr.packages.macports.org/assimp2
--->  Fetching distfiles for assimp2
--->  Attempting to fetch assimp--2.0.863-sdk.zip from http://cytranet.dl.sourceforge.net/assimp
--->  Verifying checksums for assimp2                                                
--->  Extracting assimp2
--->  Configuring assimp2
--->  Building assimp2
--->  Staging assimp2 into destroot
--->  Installing assimp2 @2.0.863_0
--->  Activating assimp2 @2.0.863_0
--->  Cleaning assimp2
--->  Fetching archive for glew
--->  Attempting to fetch glew-2.0.0_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/glew
--->  Attempting to fetch glew-2.0.0_0.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/glew
--->  Installing glew @2.0.0_0
--->  Activating glew @2.0.0_0
--->  Cleaning glew
--->  Fetching archive for swig
--->  Attempting to fetch swig-3.0.12_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/swig
--->  Attempting to fetch swig-3.0.12_0.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/swig
--->  Installing swig @3.0.12_0
--->  Activating swig @3.0.12_0
--->  Cleaning swig
--->  Fetching archive for swig-python
--->  Attempting to fetch swig-python-3.0.12_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/swig-python
--->  Attempting to fetch swig-python-3.0.12_0.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/swig-python
--->  Installing swig-python @3.0.12_0
--->  Activating swig-python @3.0.12_0
--->  Cleaning swig-python
--->  Fetching archive for py27-scipy
--->  Attempting to fetch py27-scipy-0.19.0_0+gfortran.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/py27-scipy
--->  Attempting to fetch py27-scipy-0.19.0_0+gfortran.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/py27-scipy
--->  Installing py27-scipy @0.19.0_0+gfortran
--->  Activating py27-scipy @0.19.0_0+gfortran
--->  Cleaning py27-scipy
--->  Fetching archive for libmng
--->  Attempting to fetch libmng-2.0.3_0.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/libmng
--->  Attempting to fetch libmng-2.0.3_0.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/libmng
--->  Installing libmng @2.0.3_0
--->  Activating libmng @2.0.3_0
--->  Cleaning libmng
--->  Fetching archive for qt4-mac
--->  Attempting to fetch qt4-mac-4.8.7_4.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/qt4-mac
--->  Attempting to fetch qt4-mac-4.8.7_4.darwin_16.x86_64.tbz2.rmd160 from https://packages.macports.org/qt4-mac
--->  Installing qt4-mac @4.8.7_4
--->  Activating qt4-mac @4.8.7_4
NOTE: Qt database plugins for mysql55, postgresql91, and sqlite2 are NOT installed by this port; they are installed by qt4-mac-*-plugin instead.
--->  Cleaning qt4-mac
--->  Fetching archive for vapor
--->  Attempting to fetch vapor-2.2.4_11.darwin_16.x86_64.tbz2 from https://packages.macports.org/vapor
--->  Attempting to fetch vapor-2.2.4_11.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://fco.it.packages.macports.org/mirrors/macports-packages/vapor
--->  Attempting to fetch vapor-2.2.4_11.darwin_16.x86_64.tbz2 from http://her.gr.packages.macports.org/vapor
--->  Fetching distfiles for vapor
--->  Attempting to fetch vapor-2.2.4-src.tar.gz from https://www.vapor.ucar.edu/sites/default/files/
--->  Verifying checksums for vapor                                                  
--->  Extracting vapor
--->  Applying patches to vapor
--->  Configuring vapor
--->  Building vapor
Error: Failed to build vapor: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_vapor/vapor/main.log for details.
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.
Error: Processing of port vapor failed

捕まった。気分転換だから、何もしていない。笑
いつかやろう。

OSをアップデートした時、macportsの更新【これも解決してない】

参考URL
Migration – MacPorts https://trac.macports.org/wiki/Migration

1週間くらい前に、YosemiteからSierraにアップデートした。
研究室で借りているimacは問題なかった気がするのだけど、私物のMacBook Airはつまずいた。
公式HP通り手順を踏んだら、とりあえず以前インストールしていたものについては順調に動いているが、selfupdateしたところ

$ sudo port selfupdate
Password:
Error: Current platform "darwin 16" does not match expected platform "darwin 14"
Error: If you upgraded your OS, please follow the migration instructions: https://trac.macports.org/wiki/Migration
OS platform mismatch
    while executing
"mportinit ui_options global_options global_variations"
Error: /opt/local/bin/port: Failed to initialize MacPorts, OS platform mismatch

おう。OS platform mismatchと出た。
出先でやる仕事じゃない気がしたので、とりあえずメモだけ残して。

スクリプト言語とコンパイル言語

参考URL
プログラミング言語がたくさんある理由 | Think IT（シンクイット） https://thinkit.co.jp/story/2011/04/13/2085?page=0%2C2
【みんな知ってる？】スクリプト言語とコンパイル言語の違いとは？
http://media.tech-salon.com/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88%E8%A8%80%E8%AA%9E-%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%A4%E3%83%AB%E8%A8%80%E8%AA%9E/

スクリプト言語とコンパイル言語の違いが書いてあるページ。

macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題【解決しなかった】

Tracking Note: macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題 https://trackingnote-yoshi.blogspot.jp/2017/04/macportsncl640.html

これが前回の更新。

ログを残す前に解決してしまったてもいない…ので少し不正確かもしれないが、

$ sudo port upgrade ncarg
--->  Computing dependencies for ImageMagick
--->  Configuring ImageMagick
Error: Failed to configure ImageMagick, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_graphics_ImageMagick/ImageMagick/work/ImageMagick-6.9.8-3/config.log
Error: Failed to configure ImageMagick: configure failure: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_graphics_ImageMagick/ImageMagick/main.log for details.　←これを見てみた
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.

$ less opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_graphics_ImageMagick/ImageMagick/main.log

:info:configure checking for /opt/local/lib/libreadline.6.dylib... no ←みたいなのがあった（記憶

というわけで、libreadlineが入ってるか見たところ

$ ls -al /opt/local/lib/libreadline.*
-r-xr-xr-x  1 root  admin  233828  4 24 01:45 /opt/local/lib/libreadline.7.0.dylib
lrwxr-xr-x  1 root  admin      21  4 24 01:45 /opt/local/lib/libreadline.7.dylib -> libreadline.7.0.dylib
-rw-r--r--  1 root  admin  396976  4 24 01:45 /opt/local/lib/libreadline.a
lrwxr-xr-x  1 root  admin      21  4 24 01:45 /opt/local/lib/libreadline.dylib -> libreadline.7.0.dylib

だったので、libreadline.7.0.dylib をlibreadline.6.dylibにシンボリックリンクをはってみた。

$ sudo ln -sf /opt/local/lib/libreadline.7.0.dylib  /opt/local/lib/libreadline.6.dylib

よし。もう一度ncargのアップデートをしてみる。

$ sudo port upgrade ncarg
--->  Computing dependencies for ImageMagick
--->  Configuring ImageMagick
--->  Building ImageMagick
--->  Staging ImageMagick into destroot
--->  Installing ImageMagick @6.9.8-3_1+x11
--->  Cleaning ImageMagick
--->  Computing dependencies for ImageMagick
--->  Deactivating ImageMagick @6.9.8-3_0+x11
--->  Cleaning ImageMagick
--->  Activating ImageMagick @6.9.8-3_1+x11
--->  Cleaning ImageMagick
--->  Computing dependencies for ncarg
--->  Building ncarg
Error: Failed to build ncarg: ncl did not get built
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/main.log for details. ←これを見てみた
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.

う。また止まった。めげずに見てみる。

$ tail -f /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/main.log
:info:build Thu Apr 27 17:25:51 JST 2017
:info:build Finished making <Build>.
:info:build make: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/work/ncl_ncarg-6.4.0'
:debug:build Executing proc-post-org.macports.build-build-0
:error:build Failed to build ncarg: ncl did not get built
:debug:build Error code: NONE
:debug:build Backtrace: ncl did not get built
:debug:build     while executing
:debug:build "$post $targetname"
:error:build See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncarg/ncarg/main.log for details.

did not get builtって出た。なんかまた別の問題が出てきたかな。
何か面倒そうなので、今日もまたここまで。

nclでpanel plotに共通のタイトルをつける

nclでpanel plotに共通のタイトル…つまり全体で1つのタイトル…を付ける時、バージョンによって書き方が異なる。

ncl v6.4.0の時
resP@gsnPanelMainString = "A common title" ; new resource added in NCL V6.4.0
ncl v6.3.0以前の時
resP@txString = "A common title" ; use this for NCL V6.3.0 and earlier

注意が必要。

参考URL
www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/panel_2.ncl http://www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/panel_2.ncl

macportsでncl6.4.0にアップデートできない問題

macportsでnclのバージョンをあげようとしたら…

$ sudo port upgrade ncarg
--->  Computing dependencies for ImageMagick
--->  Configuring ImageMagick
Error: Failed to configure ImageMagick, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_graphics_ImageMagick/ImageMagick/work/ImageMagick-6.9.8-3/config.log
Error: Failed to configure ImageMagick: configure failure: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_graphics_ImageMagick/ImageMagick/main.log for details.
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.

ImageMagickで捕まった。
今のところはここまで。

nclで真っ黒のシェードが出てきた時

nclのシェードで真っ黒になって出力されたので、いろいろコメントアウトしたところ

res@gsnSpreadColors = True

こいつが原因だということがわかった。

参考URL
gsn resources https://www.ncl.ucar.edu/Document/Graphics/Resources/gsn.shtml#gsnSpreadColors

とりあえず使わないほうが良いみたい。

bloggerにGithubのコードを埋め込み表示する

参考URL
GitHub:はてなブログ上にGitHubにアップロードしたソースコードの表示を試してみる - RunningCSharp http://running-cs.hatenablog.com/entry/2016/08/06/231400
gist-it.appspot.com - Embed files from a github repository like a gist https://gist-it.appspot.com/

試してみた。笑



できた！

<script src="http://gist-it.appspot.com/http://github.com/$file"></script>
だと、error表示が出て上手く行かないので
<script src="https://gist-it.appspot.com/http://github.com/$file"></script>
httpsにして使いましょう。

nclでループが閉じていない時に出るエラー

nclで止まる時、errorを吐いてもよく分からない時がある。
それが

$ ncl hoge.ncl  
Copyright (C) 1995-2015 - All Rights Reserved 
University Corporation for Atmospheric Research 
NCAR Command Language Version 6.3.0 
The use of this software is governed by a License Agreement. 
See http://www.ncl.ucar.edu/ for more details. 
fatal:syntax error: line ××× in file hoge.ncl before or near \n  
end 
---^ 

fatal:error in statement 
fatal:syntax error: line -1 before or near   

^

fatal:error in statement 

これ。
大抵の場合（というか今のところ）、ループが閉じていない時に出るerrorなので、ループ文を確認すること。

githubに入門した

アカウントを作って、インストールだけして、放置プレイしていたgithub。
いい加減、これまでのスクリプトの類を整理する必要も出てきたので、もう使ってみよう！ということで。

今日の目標は、WRFのwpsを自動化したshellをgitにあげる。
乱雑になるので、ちゃんと整理しなおしてHPに上げること！←自分に言い聞かせる

参考URL
GitHub https://github.com/
【GitHub超初心者入門】この前初めてGitHubを使い始めたエンジニア見習いが書くGitHubの使い方と実践～とりあえず一緒に動かしてみようぜ！～ - Qiita http://qiita.com/nnahito/items/565f8755e70c51532459#%E3%83%97%E3%83%83%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92%E5%A4%89%E6%9B%B4%E6%9B%B4%E6%96%B0%E3%81%97%E3%81%A6%E3%81%BF%E3%82%8B


1.web上のGitHubにリポジトリを作る。

web上のリポジトリを、リモートリポジトリと呼ぶらしい。

githubにログインする。

右側の"New repository"を選択する。


"Repository name"の窓に、適当な名前（今回は"WRF"とした）を入力する。

• "Description"の窓には、このリポジトリの説明を入力できる。
• 無料版の場合、"Public"（閲覧制限無し）しか選択することが出来ない。
• "Initialize ...."にチェックを入れると、READMEをこの時点で作ることもできる。

"Create repository"を選択する。


これでWRFという名前のリモートリポジトリが出来た。

2.端末にリポジトリを作る。
端末上（つまり自分のPC）のリポジトリを、ローカルリポジトリと呼ぶらしい。
基本的にはどこにローカルリポジトリを作っても問題ない”はず”だが、研究室のimacと私用のmac book airとで共有できるように、google drive上にローカルリポジトリを作った。

$ mkdir ~/Google ドライブ/git #github用ディレクトリ
$ mkdir ~/Google ドライブ/git/WRF #ローカルリポジトリ
$ cd ~/Google ドライブ/git/WRF
$ git init
$ la -a
.               ..               .git

と.gitというディレクトリが出来れば成功。

3.ローカルリポジトリにファイルを登録する。
この作業のことを、コミットと呼ぶらしい。
コミットしたいファイルをwps-auto-v7.cshとして、このファイルをローカルリポジトリにcpもしくはmvして

$ git add wps-auto-v7.csh

こうすると、変更点を勝手にインデックスに追加してくれるらしい。
そのあと…

$ git commit -m "最初のコミット"

これで、インデックスの内容が全てローカルリポジトリに登録される。
オプション -m "hogehoge"　で、メモを残せる。

3.web上のgithubにデータを送信する。
この作業のことを、（リモートリポジトリにデータを）プッシュと呼ぶらしい。
ここでは1でリモートレポジトリを作った時に作成されたURLを使う。
まずインデックスをリモートリポジトリに作成するために

$ git remote add origin https://github.com/h-yoshi/WRF.git

次にコミットされたファイルをリモートリポジトリにプッシュする。

$ git push origin master

するとリモートリポジトリ、つまりgithubにデータが登録されている。

うん。疲れた。笑
長かった。

ディレクトリを作るのにも挑戦したが、単純には作れないらしい（空のディレクトリを作ることが出来ない）
web上でパス指定してデータをプッシュすることでディレクトリを作り、それをリモートすることでローカルリポジトリに対応するディレクトリを作成した。

とりあえず今回はここまでにする！

連続の式（質量保存の法則）

気分転換もかねて、こういうのも更新しようとふと思い立ってページを開いたら連続の式だった。

連続の式つまり、質量保存の法則とは、運動しても空気の質量は変化しないことを示したものである。

1. 3辺の長さが$\delta x$、$\delta y$、$\delta z$、つまり体積が$\delta x\delta y\delta z$の直方体を考える。
2. 空気の密度$\rho$、つまり質量が$\rho \delta x\delta y\delta z$だと考える。
3. この直方体が風によって動き、体積が変化しても質量が変化しない。

ことを数式で示すと、

$\begin{align} \dfrac {d\left( \rho \delta x\delta y\delta z\right) } {dt}=0 \end{align}$

になる。(1)式左辺に、微分の積の法則（$\dfrac {d} {dx}\left( fg\right) =f\dfrac {dg} {dx}+g\dfrac {df} {dx}$、今は${f}=\rho$、${g}=\delta x\delta y\delta z$）を用いると

$\begin{align} \rho \dfrac {d\left( \delta x\delta y\delta z\right) } {dt} + \delta x\delta y\delta z\dfrac {d\rho } {dt} =0 \end{align}$

(2)式の両辺を$\rho \delta x\delta y\delta z$で割ると

$\begin{align} \dfrac {1} {\rho }\dfrac {d\rho } {dt}+\dfrac {1} {\delta x\delta y\delta z}\dfrac {d\left( \delta x\delta y\delta z\right) } {dt}=0\end{align}$

(3)式の左辺第二項は、三次元の発散の式（$\dfrac {1} {V}\dfrac {dV} {dt}=\dfrac {\partial u} {\partial x}+\dfrac {\partial v} {\partial y}+\dfrac {\partial w} {\partial z}$、今は${V} = \delta x\delta y\delta z$）なので

$\begin{align} \dfrac {1} {\rho }\dfrac {d\rho } {dt}+\dfrac {\partial u} {\partial x}+\dfrac {\partial v} {\partial y}+\dfrac {\partial w} {\partial z}=0\end{align}$

(4)式が連続の式、質量保存の式と呼ばれる。

一般的に、非圧縮性流体（＝密度がどの時間、どの場所でも一定である流体）である場合、$\dfrac {d\rho } {dt} =0$（密度が時間変化しない）なので、これを(4)式に用いると、

$\begin{align} \dfrac {\partial u} {\partial x}+\dfrac {\partial v} {\partial y}+\dfrac {\partial w} {\partial z}=0\end{align}$

つまり、非圧縮性流体の場合、発散=0ということになる。

student用無料Intel CompilerをMacにインストールする

参考URL
Qualify for Free Software - Student | Intel® Software https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software/student

条件は、Intelのアカウントを持っていること。
ちなみに無料でインストール出来るのは

Intel® Parallel Studio XE Composer Edition for C++ macOS*
Intel® Parallel Studio XE Composer Edition for Fortran macOS*

ですよ。笑
C++とFortranを両方インストールしたい場合、それぞれのserial numberを発行する必要があります。
Mac版で進めますが、windows版Linux版もあります。
基本的な流れは、C++もFortranの一緒なので、Fortranをインストールする流れを。

1. 参考URLに飛び、”Fortran OS X*”をクリック。
2. 4つの質問に答えて、"Agree"をクリック。
3. 必要箇所を埋めて、"Submit"をクリック。
4. Intelからメールが来るので、確認して"Download"をクリック。
5. "Choose a Version"で任意のバージョンを選択し（基本的には最新版で良いと思う。）、"m_fcompxe_online_2017.2.046.dmg（上）"をクリックしダウンロード。下は、フルパッケージをダウンロードしてインストールする場合。
6. ダウンロード先で、m_fcompxe_online_2017.2.046.dmgを実行する。
7. 今回はrootでインストールするので、"install as root"を選択する。
8. root、もしくはroot権限のあるアカウントのパスワードを入力する。
9. 少し待ち時間が有る。たぶん。たぶんあった。
10. ライセンスの規約を読み、"accept"にチェックを入れる。
11. 4ないしは5で確認できる、シリアルナンバーを入力する。
12. 学習プログラム に入る場合は"Yes"、入らない場合は"No"を選択する。
13. Xcodeを一緒にインストールする場合は"Both command line and Xcode integration environment"、既にインストールされている場合は"Command line install only"を選択する。
14. パスやインストールされるものを確認する。問題なければ"install"、カスタマイズしたければ"Customize"を選択する。ここではフルパッケージでインストールする。
15. 待ち時間がある。おおよそ20分位だった。
16. インストール完了。"ifort"とコマンドラインに入力すれば、しっかりerrorが返ってくる。

C++もカスタマイズの内容が違うだけで手順は全く同じ。

Sierraでは/Volumesでmkdir出来ない

/Volumes以下にディレクトリを毎回作って、sshfsでマウントさせるshellを使っていたのだが…例えば…

#!/usr/bin/csh

if(! -d /Volumes/mnt_la ) then
        mkdir /Volumes/mnt_la
endif

sshfs username@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:/LARGE0/groupname/username /Volumes/mnt_la

のようにして、京大スパコンのストレージをマウントしていた。

どうやら、sierraでは/Volumesはroot権限が必要らしい。

参考URL
macos - permission denied mkdir /Volumes - Ask Different https://apple.stackexchange.com/questions/235820/permission-denied-mkdir-volumes

つい最近までyosemiteだったので、全く気が付かなかった。
yosemiteでは、アカウントの権限で/Volumesにmkdir出来ていた。
まま、無理してroot権限の位置にこだわる理由がないので、アカウントの権限でmkdir出来る位置にディレクトリを作ってマウントすることにした。
いろんなaliasを変えなくては。

tmuxのおすすめページ

参考URL
tmuxを使い始めたので基本的な機能の使い方とかを整理してみた - 完熟トマト http://kanjuku-tomato.blogspot.jp/2014/02/tmux.html

綺麗なくらいにまとまっていた。
言うこと無い気がする。

2.tmux - Hiroaki Yoshioka's page
https://sites.google.com/a/dpac.dpri.kyoto-u.ac.jp/yoshioka/tips/tmux

インストールの類は自分のページで。

Macでアカウントにroot権限を与える

参考URL
Mac でルートユーザを有効にする方法 - Apple サポート
https://support.apple.com/ja-jp/HT204012

まさにこの通りだった。笑
この作業をする前のステータスが”管理者”になっているアカウントであったとしても、この作業をしないとroot権限のコマンドは入らない。
もともとのパスワードと、root権限を与える際に設定するパスワードは同じでも構わない。

BloggerにTwitterのUser Timelineを埋め込む

参考URL
タイムラインを埋め込む方法 | Twitterヘルプセンター https://support.twitter.com/articles/20171533?lang=ja

変な時間に起きたら寝られなくなってしまい。

基本的には

****************　ここから参考URL先のコピペ　****************

ウェブサイトに埋め込みタイムラインを追加するには

1. Twitterにログイン
2. [設定] に移動し、[ウィジェット] を選択
3. [新規作成] をクリック
4. 埋め込みタイムラインの種類を選択し、設定を開始
   •  [ユーザータイムライン] の場合、ツイートを表示したいユーザーのユーザー名を入力します。
   •  [お気に入り] の場合、お気に入りを表示したいユーザーのユーザー名を入力します。
   •  [リスト] の場合、ドロップダウンメニューから自分が作成または保存した公開リストを選択します。
   •  [検索] の場合、検索クエリを入力します (高度な検索の場合、検索オプションを使用します)。
   • 不適切なコンテンツや冒涜的なコンテンツなどを排除するには、セーフサーチを選択します。
5. デザインをカスタマイズ。ウェブサイトに合った高さ、テーマ (明るいか暗いか)、リンクの色を指定します。画像が含まれるツイートで画像を自動的に表示するように埋め込みタイムラインを設定することもできます。
6. [ウィジェットを作成] をクリックし、コードを自分のウェブサイトのHTMLにコピーペースト。これで完了です。

****************　ここまで参考URL先のコピペ　****************

なんだろうけど、古い？のか、ユーザータイムラインの種類を、ウィジェットのページで選択することが出来ないので。

Twitter Publish https://publish.twitter.com/#

ここのページを使う方法を

1. 上のURLに飛んで、一番上の窓に「@ユーザー名」を入力する。
2. 下にスクロールして、"Embedded Timeline"を選択する。
3. 下に該当するアカウントのtweetが出てくるのでこだわりがなければ、"Copy Code"を選択すれば良い。だがしかし、大抵の場合は、多少なりともこだわりがあると思うので。笑
4. "set customization options"を選択すると、サイズや色、言語を選べるので自由に選択してから、"Update"を選択した後、"Copy Code"を選択すると、クリップボードにコピーされる。
5. Bloggerの管理画面に飛び、"レイアウト"を選択し、好みの位置に"ガジェットを追加"する。※もちろんデフォルト以外の位置にも追加できる。これはBloggerの機能。
6. 新しいウィンドウが立ち上がるので、"基本"から"HTML/JavaScript"を選択。
7. "タイトル"の窓にはタイトルを、"コンテンツ"の窓には4でコピーしたコードを入力して、”保存”を選択する。ここでコードを書き換えれば、色やサイズを変更もできる。
8. tweetが、任意の位置に指定したサイズで埋め込まれる。

人のアカウントのtweetを勝手に自分のHPに埋め込むこともできる…けど、有名人でもない限り、嫌がられるだろうことは自明なので、やらないように。笑

simフリーのiphoneで、ymobileの初期アドレス設定

参考URL
Ymobileの初期設定について、、助けてください。。先月SoftBankからYmobile... - Yahoo!知恵袋 https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q12163263967

messageで飛んでくるURLから飛ぶと、ちゃんとWi-Fiを切っても…



※Wi-Fiオンになっているけど、オフでも一緒。

の画面になって一向に設定できなかった。
…と思ったら、直接my ymobileのページに行けば設定できた。
格安sim、難しい。

Macportsでtreeコマンドをインストール

参考URL
Macでtreeコマンド - Qiita http://qiita.com/kanuma1984/items/c158162adfeb6b217973

間が空いた。サボっていたわけではない。笑
treeコマンドってデフォルトで入っていないんだと反省して。
参考HPは、homebrewなので、macportsで入れた。

\$ sudo port install tree
そのままtreeと打ち込むと文字化けすることが多い？ので、オプションNを付けて

\$ tree -N

と使うほうが無難な気がする。

注意：もっと細かい階層まで出るよ

> hoge.txtとかして、出力させると便利。

NCLでのパスの書き方

別に大したことではないのだけど、メモを残しておくという精神で。笑

NCLで、readもしくはwriteするデータやファイルのパスを指定する際、空白があると読んでくれない。

例えば、read.nclにおいて、アスキーファイルの台風のトラックデータtrack.csvをreadする時、

************************************************
DATA = "␣/Volumes/HDD01/track.csv"
lines = asciiread(DATA,-1,"string")

************************************************

として実行すると

fatal:asciiread: Unable to open input file ( /Volumes/HDD01/track.csv)
fatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line ○○ in file read.ncl

となって読み込んでくれない。

************************************************
DATA = "/Volumes/HDD01/track.csv"
lines = asciiread(DATA,-1,"string")

************************************************

こうしないといけない。

僕なんかは例えば、

************************************************

N_DATA = stringtointeger(systemfunc("ls -l " + DATA | wc -l"))

************************************************

のように、systemfucを使って、"ls -l"と組み合わせてトラックデータのカウントする。

ここでは、"ls -l"と”DATA”の間に空白が無いといけない。

ので、色々な所に登場する場合は、注意するように。

と、自分に言い聞かせる。

MacBook Airのバッテリーを交換した

色んな人に迷惑をかけていた、「Macのバッテリー壊れている問題。」
supervisorからアマゾンのセールで交換用バッテリーがあるよとメールを頂いたのですぐに購入。交換した。
ベンチマークとか取っておけばよかったな。。。

Amazon | SLODA 交換用バッテリーAPPLE用MacBook Air 13 Inch A1405 A1466 A1496 A1377 2012 MacBook Air "Core i5" 1.6 "Core i7" 1... https://www.amazon.co.jp/gp/product/B01A6N9Y98/ref=oh_aui_detailpage_o01_s00?ie=UTF8&psc=1

バッテリーが壊れていた…認識していなかったばつ印がついていた修理交換が必要と出ていた…ので困ったことは

• コンセントが外れると同時に電源OFF→つまり常にコンセントをつけていないといけない
• バッテリーが認識されていない状態なので、システム上コンセントがつながっていると認識されない(?)ので、OSのアップデートが出来ない。

というわけで、交換した。
詳細は下記の参考HPなど、検索すれば出てくる。
注意が必要なのは重複があるが

• 買ったタイミングやサイズによって、バッテリーの型番が異なるので調べること
• 裏蓋を止めているネジと、バッテリーを止めているネジの形は違うこと

このMacBook Air4年目にしてバッテリー交換、とエアダスターを使ってホコリ取り。
ファンについたホコリを完全除去は不可能だった。
けど、この作業で劇的に動きがスムーズになった。
ベンチマーク取っていないけど、CPUが無駄に動いていない感じ。←アクティビティモニタとか
Appleで公式の方法で交換すると高いから、慣れているならこの方法の方がいいかも。。。
新しいMacBook Pro買うのやーめた。笑

参考URL
MacBook Airのバッテリーを自分で交換してみた！とっても快適に！ - なまけるのに飽きるまで-格安SIM・スマホを使い倒す
http://namakeru.com/entry/MacBook_Air%E3%81%AE%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%86%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%92%E8%87%AA%E5%88%86%E3%81%A7%E4%BA%A4%E6%8F%9B

論文や文献の引用の書き方

別に誰かに習う訳ではないことだけど、知らないと間違えてしまう引用の書き方を。
…普通教えてくれるもんなのかな。
少なくとも、僕は習わなかった（笑）
見よう見まね。

参考URL
引用文献の書き方 http://www.juen.ac.jp/psych/nakayama/making/04.html
本文中で引用する際の'et al.' の使い方 http://www.editage.jp/insights/using-et-al-for-in-text-citations-in-research-papers#.WOWLHLoV2_k.twitter‬

著者…author…が複数いる論文を引用したい時、僕が参加するような日本の気象…大気海洋…系の学会や研究会で使う発表スライド、ないしは文章の本文中の場合は、

1. A and B (xxxx) 2人の場合
2. A et al. (xxxx) 3人以上の場合

と表示すればよい。

分野によっては、必ず全ての著者を示す文化？ルール？風習？が、あるかもしれない。

et al.は、あえてひらがなで書くと「えとおる」「えとーる」。
ラテン語のet alii やet aliaeで、「その他（ あるいは、～など）」という意味で、英語にするとand others。

そして、通常イタリック体で記載して、et al.とする。

言わずもがな、文の途中でもピリオドを打つ。

reference、文献リストの場合は、基本的にURL通り、全ての著者の名前やジャーナル名などを記載する。
もしかすると、字数や枚数の制約で、et al.を使う場面もあるかもしれないが、稀だと思う。

Macports2.4.1でncviewがインストールできない問題

MacPortsを2.4.1にバージョンアップしたら、ncviewとnclが動かなくなって、nclは入れ直すだけで何とかなったけど、ncviewは動かない。
検索してもなかなか出てこない。
twitterで
Yoichi Kawamotoさんのツイート: "MacPortsのudunitsが2.2.24_2にアップデートされてncarg (ncl) のインストールの問題も無事解決。ncviewはlibudunits2.aが見付からない... https://twitter.com/you_ichi/status/835719313281568770

そんなのどこに書いてあるんだろうと

\$ sudo port install ncview
Password:
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
Error: Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
Error: Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details. ←これだ
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.
Error: Processing of port ncview failed

ということで

\$ tail /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log

***********************************************************************************************

:info:configure checking for /opt/local/lib/libudunits2.a... no

:info:configure Error: user specified udunits2 library directory does not have libudunits2.a ! ←これだ

:info:configure Command failed: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1" && ./configure --prefix=/opt/local --with-netcdf_incdir=/opt/local/include --with-netcdf_libdir=/opt/local/lib --with-bindir=/opt/local/bin --with-udunits2_incdir=/opt/local/include/udunits2 --with-udunits2_libdir=/opt/local/lib --with-png_incdir=/opt/local/include --with-png_libdir=/opt/local/lib --with-x
:info:configure Exit code: 255
:error:configure Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
:error:configure Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
:debug:configure Error code: NONE
:debug:configure Backtrace: configure failure: command execution failed
:debug:configure while executing
:debug:configure "$procedure $targetname"
:error:configure See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details.

***********************************************************************************************

ホントだ。

つぶやきどおりリンクをはってみよう。

\$ sudo ln -sf /opt/local/lib/libudunits2.dylib /opt/local/lib/libudunits2.a
\$ sudo port install ncview
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
---> Building ncview
---> Staging ncview into destroot
---> Installing ncview @2.1.1_11
---> Activating ncview @2.1.1_11
---> Cleaning ncview
---> Updating database of binaries
---> Scanning binaries for linking errors
---> No broken files found.

できた！

結構苦労してしまった。ちゃんとログは見ましょう。

手書きした数式をlatexに直す

参考URL
MyScript Webdemo https://webdemo.myscript.com/index.html
の
Math https://webdemo.myscript.com/views/math.html

texやプログラミングに慣れていないと、word以外で数式をtexに打つのに手間取る（僕は
慣れるまで…というか慣れるのに、このサイトのサービスを使った（いや今でも
左下のウィンドウにマウスやトラックパッド、ペンタブで式を書くと、右上のウィンドウにlatexの形式に直してくれる。

\zeta =\dfrac {\partial v} {\partial x}-\dfrac {\partial u} {\partial y}

コピペして前後にどるまーくをつけると

$\zeta =\dfrac {\partial v} {\partial x}-\dfrac {\partial u} {\partial y}$

NCLでWRFの"contour on contour"のoverlay

参考URL
見失ってしまった。

NCLでWRFの関数やらを使って描画しようとして、コンターとシェイドを重ねたい時に、忘れるのが

pltres@PanelPlot = True
plot = wrf_map_overlays(a,wks,(/contour01,contour02/),pltres,mpres)

PanelPlotの記述。
本来は複数のパネルを作成する時のオプションだけど、wrf_map_overlayの類を使って、重ねる時は、Trueを宣言する必要がある。
忘れがち。

スタックサイズについて

スタックってなあに？（1） | 学校では教えてくれないこと | [技術コラム集]組込みの門 | ユークエスト株式会社
https://www.uquest.co.jp/embedded/learning/lecture07-1.html

スタックサイズについてわかりやすい説明があるページ。

雑感【豪雨災害が出発点 市が独自に気象観測開始へ】

豪雨災害が出発点　市が独自に気象観測開始へ （河北新報） - Yahoo!ニュース https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170404-00000014-khks-pol

積雪なんてのはモデルの誤差も大きいし、観測地点もまだまだ少ないだろうから、こういう気象庁以外の観測（某携帯D社とか？）も、ある程度精度が保障されて、一つのデータセットになって、予報とか研究とかに使われるようになるといいな。
という、感想。

MacportsでのPython環境

macportsでpythonのnetcdfモジュールをいれたはずなのに何回やっても、no moduleになったのは何でかと思って2,3日格闘した結果…
標準使用のpythonが、macportsでインストールされたものではなくて、もともとmacに入ってるやつ"/usr/bin/python"になっているせいだということが分かった。
ので、標準をmacportsでインストールしたものに設定するコマンド。

sudo port select --set python python27

参考URL

MacでPython環境を作る時に気をつける事 - Qiita

MacPorts あれこれ - Qiita

macvimのオプション

macvimのオプション一覧。

-hで表示される。

使用法: vim [引数] [ファイル..] あるファイルを編集する
もしくは: vim [引数] - 標準入力からテキストを読込む
もしくは: vim [引数] -t タグ タグが定義されたところから編集する
もしくは: vim [引数] -q [errorfile] 最初のエラーで編集する

引数:
-- このあとにはファイル名だけ
-g GUIで起動する ("gvim" と同じ)
-f or --nofork フォアグラウンド: GUIを始めるときにforkしない
-v Viモード ("vi" と同じ)
-e Exモード ("ex" と同じ)
-E 改良Exモード
-s サイレント(バッチ)モード ("ex" 専用)
-d 差分モード ("vidiff" と同じ)
-y イージーモード ("evim" と同じ, モード無)
-R 読込専用モード ("view" と同じ)
-Z 制限モード ("rvim" と同じ)
-m 変更 (ファイル保存時) をできないようにする
-M テキストの編集を行なえないようにする
-b バイナリモード
-l Lispモード
-C Vi互換モード: 'compatible'
-N Vi非互換モード: 'nocompatible
-V[N][fname] ログ出力設定 [レベル N] [ログファイル名 fname]
-D デバッグモード
-n スワップファイルを使用せずメモリだけ
-r スワップファイルを列挙し終了
-r (ファイル名) クラッシュしたセッションを復帰
-L -rと同じ
-A アラビア語モードで起動する
-H ヘブライ語モードで起動する
-F ペルシア語モードで起動する
-T <terminal> 端末を <terminal> に設定する
--not-a-term 入出力が端末でないとの警告をスキップする
--ttyfail Exit if input or output is not a terminal
-u <vimrc> .vimrcの代わりに <vimrc> を使う
-U <gvimrc> .gvimrcの代わりに <gvimrc> を使う
--noplugin プラグインスクリプトをロードしない
-p[N] N 個タブページを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-o[N] N 個ウィンドウを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-O[N] -oと同じだが垂直分割
+ ファイルの最後からはじめる
+<lnum> <lnum> 行からはじめる
--cmd <command> vimrcをロードする前に <command> を実行する
-c <command> 最初のファイルをロード後 <command> を実行する
-S <session> 最初のファイルをロード後ファイル <session> を取込む
-s <scriptin> ファイル <scriptin> からノーマルコマンドを読込む
-w <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に追加する
-W <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に保存する
-x 暗号化されたファイルを編集する
--remote <files> 可能ならばVimサーバーで <files> を編集する
--remote-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-wait <files> --remote後 ファイルの編集が終わるのを待つ
--remote-wait-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-tab[-wait][-silent] <files> --remoteでファイル1つにつき1つのタブページを開く
--remote-send <keys> Vimサーバーに <keys> を送信して終了する
--remote-expr <expr> サーバーで <expr> を実行して結果を表示する
--serverlist Vimサーバー名の一覧を表示して終了する
--servername <name> Vimサーバー <name> に送信/名前設定する
--startuptime <file> 起動にかかった時間の詳細を <file> へ出力する
-i <viminfo> .viminfoの代わりに <viminfo> を使う
-h or --help ヘルプ(このメッセージ)を表示し終了する
--version バージョン情報を表示し終了する

夏学HP一覧

他分野も含めた夏の学校のHP一覧

気象

夏の学校2013（海洋と合同） http://www.geocities.jp/kaiyowakate/2013/index.html

夏の学校2014　http://wwwoa.ees.hokudai.ac.jp/event/summerschool2014/index.html

夏の学校2015 https://sites.google.com/site/kishonatugaku2015/home

夏の学校2016 https://sites.google.com/site/meteorologyss2016/

海洋
2016年度 夏の学校 海洋若手研究集会 http://www.geocities.jp/kaiyowakate/2016/index.html

他分野

生化学若い研究者の会 http://www.seikawakate.org/natu

物性若手夏の学校 https://cmpss.jp/

2016年度 原子核三者若手 夏の学校 http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~sansha.wakate/school/

2016年度 第46回天文・天体物理若手 夏の学校 http://www.astro-wakate.sakura.ne.jp/ss2016/web/

2017年度 第57回 分子科学若手の会 夏の学校 http://www.ymsa.jp/

2016年度 公益社団法人日本地震学会 - 夏の学校 http://www.zisin.jp/modules/pico/index.php?cat_id=372

生物物理若手の会 | 夏の学校2016 | ホーム http://bpwakate.net/summer2016/
2016年度 J-Physics 若手夏の学校｜活動状況｜J-Physics：多極子伝導系の物理 http://jphysics.jp/activity/20160525-1100/

2016年度 放射線夏の学校 https://annex.jsap.or.jp/radiation/2016ss/index.html
2016年度 第55回プラズマ若手夏の学校 第30回核融合炉夏期セミナー – プラズマ・核融合学会　日本原子力学会 http://www.prc.tsukuba.ac.jp/pss2016/
2016年度 第48回 構造有機化学若手の会 夏の学校 http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/kubo/natsu/natsu_no_gakkou/
2016年度 生命の起原および進化学会夏の学校 http://www.origin-life.gr.jp/summer_school/index.html
2016年度 第23回レーザー夏の学校 http://www.ils.uec.ac.jp/2016LSS/
宇宙地球惑星科学若手会 夏の学校2016 http://ss2016.wpblog.jp/
錯体化学若手研究会「錯体化学若手の会夏の学校2017」＠蒲郡 https://groups.ims.ac.jp/organization/masaoka_g/sakutai-wakate2017ss/index.html
2016年度 第49回構造有機化学若手の会 http://h21c26wing.wixsite.com/wakate49
2016年度 第28回液体の化学夏の学校 http://toshihiro-kaneko.tonkotsu.jp/liquid_summer28/
2016年度 第20回分子シミュレーション夏の学校 http://www3.u-toyama.ac.jp/comp/summer/

dropboxでファイルの前のバージョンを復元する。

参考URL
ファイルの前のバージョンを復元する - Dropbox のヘルプ - Dropbox

dropboxに保存していたファイルが破損してしまい焦った。
が、過去30日以内のファイルの変更はスナップショットが保管（Businessを利用しているとそれ以上）されているということで、元に戻した。

1. dropbox.comにログインする。（端末上のdropboxフォルダではなく、web上のdropboxサービスにログインする）
2. 該当するファイルを右クリックして表示されるタブの［バージョン履歴］をクリックする。
   
3. ファイルをどのバージョンに戻すのか選択する。
4. [復元]を選択する。