NCLでのパスの書き方

別に大したことではないのだけど、メモを残しておくという精神で。笑

NCLで、readもしくはwriteするデータやファイルのパスを指定する際、空白があると読んでくれない。

例えば、read.nclにおいて、アスキーファイルの台風のトラックデータtrack.csvをreadする時、

************************************************
DATA = "␣/Volumes/HDD01/track.csv"
lines = asciiread(DATA,-1,"string")

************************************************

として実行すると

fatal:asciiread: Unable to open input file ( /Volumes/HDD01/track.csv)
fatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line ○○ in file read.ncl

となって読み込んでくれない。

************************************************
DATA = "/Volumes/HDD01/track.csv"
lines = asciiread(DATA,-1,"string")

************************************************

こうしないといけない。

僕なんかは例えば、

************************************************

N_DATA = stringtointeger(systemfunc("ls -l " + DATA | wc -l"))

************************************************

のように、systemfucを使って、"ls -l"と組み合わせてトラックデータのカウントする。

ここでは、"ls -l"と”DATA”の間に空白が無いといけない。

ので、色々な所に登場する場合は、注意するように。

と、自分に言い聞かせる。

MacBook Airのバッテリーを交換した

色んな人に迷惑をかけていた、「Macのバッテリー壊れている問題。」
supervisorからアマゾンのセールで交換用バッテリーがあるよとメールを頂いたのですぐに購入。交換した。
ベンチマークとか取っておけばよかったな。。。

Amazon | SLODA 交換用バッテリーAPPLE用MacBook Air 13 Inch A1405 A1466 A1496 A1377 2012 MacBook Air "Core i5" 1.6 "Core i7" 1... https://www.amazon.co.jp/gp/product/B01A6N9Y98/ref=oh_aui_detailpage_o01_s00?ie=UTF8&psc=1

バッテリーが壊れていた…認識していなかったばつ印がついていた修理交換が必要と出ていた…ので困ったことは

• コンセントが外れると同時に電源OFF→つまり常にコンセントをつけていないといけない
• バッテリーが認識されていない状態なので、システム上コンセントがつながっていると認識されない(?)ので、OSのアップデートが出来ない。

というわけで、交換した。
詳細は下記の参考HPなど、検索すれば出てくる。
注意が必要なのは重複があるが

• 買ったタイミングやサイズによって、バッテリーの型番が異なるので調べること
• 裏蓋を止めているネジと、バッテリーを止めているネジの形は違うこと

このMacBook Air4年目にしてバッテリー交換、とエアダスターを使ってホコリ取り。
ファンについたホコリを完全除去は不可能だった。
けど、この作業で劇的に動きがスムーズになった。
ベンチマーク取っていないけど、CPUが無駄に動いていない感じ。←アクティビティモニタとか
Appleで公式の方法で交換すると高いから、慣れているならこの方法の方がいいかも。。。
新しいMacBook Pro買うのやーめた。笑

参考URL
MacBook Airのバッテリーを自分で交換してみた！とっても快適に！ - なまけるのに飽きるまで-格安SIM・スマホを使い倒す
http://namakeru.com/entry/MacBook_Air%E3%81%AE%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%86%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%92%E8%87%AA%E5%88%86%E3%81%A7%E4%BA%A4%E6%8F%9B

論文や文献の引用の書き方

別に誰かに習う訳ではないことだけど、知らないと間違えてしまう引用の書き方を。
…普通教えてくれるもんなのかな。
少なくとも、僕は習わなかった（笑）
見よう見まね。

参考URL
引用文献の書き方 http://www.juen.ac.jp/psych/nakayama/making/04.html
本文中で引用する際の'et al.' の使い方 http://www.editage.jp/insights/using-et-al-for-in-text-citations-in-research-papers#.WOWLHLoV2_k.twitter‬

著者…author…が複数いる論文を引用したい時、僕が参加するような日本の気象…大気海洋…系の学会や研究会で使う発表スライド、ないしは文章の本文中の場合は、

1. A and B (xxxx) 2人の場合
2. A et al. (xxxx) 3人以上の場合

と表示すればよい。

分野によっては、必ず全ての著者を示す文化？ルール？風習？が、あるかもしれない。

et al.は、あえてひらがなで書くと「えとおる」「えとーる」。
ラテン語のet alii やet aliaeで、「その他（ あるいは、～など）」という意味で、英語にするとand others。

そして、通常イタリック体で記載して、et al.とする。

言わずもがな、文の途中でもピリオドを打つ。

reference、文献リストの場合は、基本的にURL通り、全ての著者の名前やジャーナル名などを記載する。
もしかすると、字数や枚数の制約で、et al.を使う場面もあるかもしれないが、稀だと思う。

Macports2.4.1でncviewがインストールできない問題

MacPortsを2.4.1にバージョンアップしたら、ncviewとnclが動かなくなって、nclは入れ直すだけで何とかなったけど、ncviewは動かない。
検索してもなかなか出てこない。
twitterで
Yoichi Kawamotoさんのツイート: "MacPortsのudunitsが2.2.24_2にアップデートされてncarg (ncl) のインストールの問題も無事解決。ncviewはlibudunits2.aが見付からない... https://twitter.com/you_ichi/status/835719313281568770

そんなのどこに書いてあるんだろうと

\$ sudo port install ncview
Password:
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
Error: Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
Error: Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details. ←これだ
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.
Error: Processing of port ncview failed

ということで

\$ tail /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log

***********************************************************************************************

:info:configure checking for /opt/local/lib/libudunits2.a... no

:info:configure Error: user specified udunits2 library directory does not have libudunits2.a ! ←これだ

:info:configure Command failed: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1" && ./configure --prefix=/opt/local --with-netcdf_incdir=/opt/local/include --with-netcdf_libdir=/opt/local/lib --with-bindir=/opt/local/bin --with-udunits2_incdir=/opt/local/include/udunits2 --with-udunits2_libdir=/opt/local/lib --with-png_incdir=/opt/local/include --with-png_libdir=/opt/local/lib --with-x
:info:configure Exit code: 255
:error:configure Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
:error:configure Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
:debug:configure Error code: NONE
:debug:configure Backtrace: configure failure: command execution failed
:debug:configure while executing
:debug:configure "$procedure $targetname"
:error:configure See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details.

***********************************************************************************************

ホントだ。

つぶやきどおりリンクをはってみよう。

\$ sudo ln -sf /opt/local/lib/libudunits2.dylib /opt/local/lib/libudunits2.a
\$ sudo port install ncview
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
---> Building ncview
---> Staging ncview into destroot
---> Installing ncview @2.1.1_11
---> Activating ncview @2.1.1_11
---> Cleaning ncview
---> Updating database of binaries
---> Scanning binaries for linking errors
---> No broken files found.

できた！

結構苦労してしまった。ちゃんとログは見ましょう。

手書きした数式をlatexに直す

参考URL
MyScript Webdemo https://webdemo.myscript.com/index.html
の
Math https://webdemo.myscript.com/views/math.html

texやプログラミングに慣れていないと、word以外で数式をtexに打つのに手間取る（僕は
慣れるまで…というか慣れるのに、このサイトのサービスを使った（いや今でも
左下のウィンドウにマウスやトラックパッド、ペンタブで式を書くと、右上のウィンドウにlatexの形式に直してくれる。

\zeta =\dfrac {\partial v} {\partial x}-\dfrac {\partial u} {\partial y}

コピペして前後にどるまーくをつけると

$\zeta =\dfrac {\partial v} {\partial x}-\dfrac {\partial u} {\partial y}$

NCLでWRFの"contour on contour"のoverlay

参考URL
見失ってしまった。

NCLでWRFの関数やらを使って描画しようとして、コンターとシェイドを重ねたい時に、忘れるのが

pltres@PanelPlot = True
plot = wrf_map_overlays(a,wks,(/contour01,contour02/),pltres,mpres)

PanelPlotの記述。
本来は複数のパネルを作成する時のオプションだけど、wrf_map_overlayの類を使って、重ねる時は、Trueを宣言する必要がある。
忘れがち。

スタックサイズについて

スタックってなあに？（1） | 学校では教えてくれないこと | [技術コラム集]組込みの門 | ユークエスト株式会社
https://www.uquest.co.jp/embedded/learning/lecture07-1.html

スタックサイズについてわかりやすい説明があるページ。

雑感【豪雨災害が出発点 市が独自に気象観測開始へ】

豪雨災害が出発点　市が独自に気象観測開始へ （河北新報） - Yahoo!ニュース https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170404-00000014-khks-pol

積雪なんてのはモデルの誤差も大きいし、観測地点もまだまだ少ないだろうから、こういう気象庁以外の観測（某携帯D社とか？）も、ある程度精度が保障されて、一つのデータセットになって、予報とか研究とかに使われるようになるといいな。
という、感想。

MacportsでのPython環境

macportsでpythonのnetcdfモジュールをいれたはずなのに何回やっても、no moduleになったのは何でかと思って2,3日格闘した結果…
標準使用のpythonが、macportsでインストールされたものではなくて、もともとmacに入ってるやつ"/usr/bin/python"になっているせいだということが分かった。
ので、標準をmacportsでインストールしたものに設定するコマンド。

sudo port select --set python python27

参考URL

MacでPython環境を作る時に気をつける事 - Qiita

MacPorts あれこれ - Qiita

macvimのオプション

macvimのオプション一覧。

-hで表示される。

使用法: vim [引数] [ファイル..] あるファイルを編集する
もしくは: vim [引数] - 標準入力からテキストを読込む
もしくは: vim [引数] -t タグ タグが定義されたところから編集する
もしくは: vim [引数] -q [errorfile] 最初のエラーで編集する

引数:
-- このあとにはファイル名だけ
-g GUIで起動する ("gvim" と同じ)
-f or --nofork フォアグラウンド: GUIを始めるときにforkしない
-v Viモード ("vi" と同じ)
-e Exモード ("ex" と同じ)
-E 改良Exモード
-s サイレント(バッチ)モード ("ex" 専用)
-d 差分モード ("vidiff" と同じ)
-y イージーモード ("evim" と同じ, モード無)
-R 読込専用モード ("view" と同じ)
-Z 制限モード ("rvim" と同じ)
-m 変更 (ファイル保存時) をできないようにする
-M テキストの編集を行なえないようにする
-b バイナリモード
-l Lispモード
-C Vi互換モード: 'compatible'
-N Vi非互換モード: 'nocompatible
-V[N][fname] ログ出力設定 [レベル N] [ログファイル名 fname]
-D デバッグモード
-n スワップファイルを使用せずメモリだけ
-r スワップファイルを列挙し終了
-r (ファイル名) クラッシュしたセッションを復帰
-L -rと同じ
-A アラビア語モードで起動する
-H ヘブライ語モードで起動する
-F ペルシア語モードで起動する
-T <terminal> 端末を <terminal> に設定する
--not-a-term 入出力が端末でないとの警告をスキップする
--ttyfail Exit if input or output is not a terminal
-u <vimrc> .vimrcの代わりに <vimrc> を使う
-U <gvimrc> .gvimrcの代わりに <gvimrc> を使う
--noplugin プラグインスクリプトをロードしない
-p[N] N 個タブページを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-o[N] N 個ウィンドウを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-O[N] -oと同じだが垂直分割
+ ファイルの最後からはじめる
+<lnum> <lnum> 行からはじめる
--cmd <command> vimrcをロードする前に <command> を実行する
-c <command> 最初のファイルをロード後 <command> を実行する
-S <session> 最初のファイルをロード後ファイル <session> を取込む
-s <scriptin> ファイル <scriptin> からノーマルコマンドを読込む
-w <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に追加する
-W <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に保存する
-x 暗号化されたファイルを編集する
--remote <files> 可能ならばVimサーバーで <files> を編集する
--remote-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-wait <files> --remote後 ファイルの編集が終わるのを待つ
--remote-wait-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-tab[-wait][-silent] <files> --remoteでファイル1つにつき1つのタブページを開く
--remote-send <keys> Vimサーバーに <keys> を送信して終了する
--remote-expr <expr> サーバーで <expr> を実行して結果を表示する
--serverlist Vimサーバー名の一覧を表示して終了する
--servername <name> Vimサーバー <name> に送信/名前設定する
--startuptime <file> 起動にかかった時間の詳細を <file> へ出力する
-i <viminfo> .viminfoの代わりに <viminfo> を使う
-h or --help ヘルプ(このメッセージ)を表示し終了する
--version バージョン情報を表示し終了する

夏学HP一覧

他分野も含めた夏の学校のHP一覧

気象

夏の学校2013（海洋と合同） http://www.geocities.jp/kaiyowakate/2013/index.html

夏の学校2014　http://wwwoa.ees.hokudai.ac.jp/event/summerschool2014/index.html

夏の学校2015 https://sites.google.com/site/kishonatugaku2015/home

夏の学校2016 https://sites.google.com/site/meteorologyss2016/

海洋
2016年度 夏の学校 海洋若手研究集会 http://www.geocities.jp/kaiyowakate/2016/index.html

他分野

生化学若い研究者の会 http://www.seikawakate.org/natu

物性若手夏の学校 https://cmpss.jp/

2016年度 原子核三者若手 夏の学校 http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~sansha.wakate/school/

2016年度 第46回天文・天体物理若手 夏の学校 http://www.astro-wakate.sakura.ne.jp/ss2016/web/

2017年度 第57回 分子科学若手の会 夏の学校 http://www.ymsa.jp/

2016年度 公益社団法人日本地震学会 - 夏の学校 http://www.zisin.jp/modules/pico/index.php?cat_id=372

生物物理若手の会 | 夏の学校2016 | ホーム http://bpwakate.net/summer2016/
2016年度 J-Physics 若手夏の学校｜活動状況｜J-Physics：多極子伝導系の物理 http://jphysics.jp/activity/20160525-1100/

2016年度 放射線夏の学校 https://annex.jsap.or.jp/radiation/2016ss/index.html
2016年度 第55回プラズマ若手夏の学校 第30回核融合炉夏期セミナー – プラズマ・核融合学会　日本原子力学会 http://www.prc.tsukuba.ac.jp/pss2016/
2016年度 第48回 構造有機化学若手の会 夏の学校 http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/kubo/natsu/natsu_no_gakkou/
2016年度 生命の起原および進化学会夏の学校 http://www.origin-life.gr.jp/summer_school/index.html
2016年度 第23回レーザー夏の学校 http://www.ils.uec.ac.jp/2016LSS/
宇宙地球惑星科学若手会 夏の学校2016 http://ss2016.wpblog.jp/
錯体化学若手研究会「錯体化学若手の会夏の学校2017」＠蒲郡 https://groups.ims.ac.jp/organization/masaoka_g/sakutai-wakate2017ss/index.html
2016年度 第49回構造有機化学若手の会 http://h21c26wing.wixsite.com/wakate49
2016年度 第28回液体の化学夏の学校 http://toshihiro-kaneko.tonkotsu.jp/liquid_summer28/
2016年度 第20回分子シミュレーション夏の学校 http://www3.u-toyama.ac.jp/comp/summer/

dropboxでファイルの前のバージョンを復元する。

参考URL
ファイルの前のバージョンを復元する - Dropbox のヘルプ - Dropbox

dropboxに保存していたファイルが破損してしまい焦った。
が、過去30日以内のファイルの変更はスナップショットが保管（Businessを利用しているとそれ以上）されているということで、元に戻した。

1. dropbox.comにログインする。（端末上のdropboxフォルダではなく、web上のdropboxサービスにログインする）
2. 該当するファイルを右クリックして表示されるタブの［バージョン履歴］をクリックする。
   
3. ファイルをどのバージョンに戻すのか選択する。
4. [復元]を選択する。