macportsでパッケージがインストールができない

参考URL

macportsでインストールができない -macportsはインストール済みです。- その他（OS） | 教えて!goo https://oshiete.goo.ne.jp/qa/7598217.html

$ port search gcc
Warning: Can't open index file for source: rsync://rsync.macports.org/macports/release/tarballs/ports.tar 
Error: search for name gcc failed: No index(es) found! Have you synced your port definitions? Try running 'port selfupdate'. 
No match for gcc found

と出てしまった。
参考URL先にならって

$sudo vi /opt/local/etc/macports/sources.conf 

#rsync://rsync.macports.org/macports/release/tarballs/ports.tar [default]
 http://www.macports.org/files/ports.tar.gz [default]

最下部のrsyncの行をコメントアウトし、新たに赤字の部分を加筆する。
そのあとポートをアップデートする。

$ sudo port -d sync 
DEBUG: Copying /Users/yoshioka-hiroaki/Library/Preferences/com.apple.dt.Xcode.plist to /opt/local/var/macports/home/Library/Preferences 
--->  Updating the ports tree 
Synchronizing local ports tree from http://www.macports.org/files/ports.tar.gz 
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current 
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed 
100   178  100   178    0     0    679      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--   679 
100 32.7M  100 32.7M    0     0  3239k      0  0:00:10  0:00:10 --:--:-- 4352k 

（以下略）

このように更新されれば、OK。

Mac上のパワーポイントでプレゼンする時iPhoneをリモコンにする

参考URL
【Remote】MacのPowerPointをリモートコントロールするiPhoneアプリがすごい！ | スキルアクセラレータ インク http://amile.jp/wp/archives/701

詳細は追って。

Macでプログラムの実行時間を測定する

参考URL
Windows＆Mac両対応　コマンド大事典 - ［time］コマンドの実行時間を知りたい（Macのみ）：ITpro http://itpro.nikkeibp.co.jp/atcl/column/15/042000103/080600050/?rt=nocnt

nclが実行される時間をどうやって測るのか…と思ったけど、結局timeコマンドになりそう。

$ time ncl wrf_SkewT1.ncl 
 Copyright (C) 1995-2015 - All Rights Reserved
 University Corporation for Atmospheric Research
 NCAR Command Language Version 6.3.0
 The use of this software is governed by a License Agreement.
 See http://www.ncl.ucar.edu/ for more details.
（中略）
real 0m31.404s
user 0m13.747s
sys 0m3.872s

ちなみに

real：プログラムの呼び出しから終了までにかかった実時間（秒）
user：プログラム自体の処理時間（ユーザーCPU時間・秒）
sys：プログラムを処理するために、OSが処理をした時間（システム時間・秒）

基本的には、realの時間をチェックしておけば問題ない。
userもたまには必要になることがあるかな。

student用無料Intel CompilerをMacにインストールする

参考URL
Qualify for Free Software - Student | Intel® Software https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software/student

条件は、Intelのアカウントを持っていること。
ちなみに無料でインストール出来るのは

Intel® Parallel Studio XE Composer Edition for C++ macOS*
Intel® Parallel Studio XE Composer Edition for Fortran macOS*

ですよ。笑
C++とFortranを両方インストールしたい場合、それぞれのserial numberを発行する必要があります。
Mac版で進めますが、windows版Linux版もあります。
基本的な流れは、C++もFortranの一緒なので、Fortranをインストールする流れを。

1. 参考URLに飛び、”Fortran OS X*”をクリック。
2. 4つの質問に答えて、"Agree"をクリック。
3. 必要箇所を埋めて、"Submit"をクリック。
4. Intelからメールが来るので、確認して"Download"をクリック。
5. "Choose a Version"で任意のバージョンを選択し（基本的には最新版で良いと思う。）、"m_fcompxe_online_2017.2.046.dmg（上）"をクリックしダウンロード。下は、フルパッケージをダウンロードしてインストールする場合。
6. ダウンロード先で、m_fcompxe_online_2017.2.046.dmgを実行する。
7. 今回はrootでインストールするので、"install as root"を選択する。
8. root、もしくはroot権限のあるアカウントのパスワードを入力する。
9. 少し待ち時間が有る。たぶん。たぶんあった。
10. ライセンスの規約を読み、"accept"にチェックを入れる。
11. 4ないしは5で確認できる、シリアルナンバーを入力する。
12. 学習プログラム に入る場合は"Yes"、入らない場合は"No"を選択する。
13. Xcodeを一緒にインストールする場合は"Both command line and Xcode integration environment"、既にインストールされている場合は"Command line install only"を選択する。
14. パスやインストールされるものを確認する。問題なければ"install"、カスタマイズしたければ"Customize"を選択する。ここではフルパッケージでインストールする。
15. 待ち時間がある。おおよそ20分位だった。
16. インストール完了。"ifort"とコマンドラインに入力すれば、しっかりerrorが返ってくる。

C++もカスタマイズの内容が違うだけで手順は全く同じ。

Sierraでは/Volumesでmkdir出来ない

/Volumes以下にディレクトリを毎回作って、sshfsでマウントさせるshellを使っていたのだが…例えば…

#!/usr/bin/csh

if(! -d /Volumes/mnt_la ) then
        mkdir /Volumes/mnt_la
endif

sshfs username@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:/LARGE0/groupname/username /Volumes/mnt_la

のようにして、京大スパコンのストレージをマウントしていた。

どうやら、sierraでは/Volumesはroot権限が必要らしい。

参考URL
macos - permission denied mkdir /Volumes - Ask Different https://apple.stackexchange.com/questions/235820/permission-denied-mkdir-volumes

つい最近までyosemiteだったので、全く気が付かなかった。
yosemiteでは、アカウントの権限で/Volumesにmkdir出来ていた。
まま、無理してroot権限の位置にこだわる理由がないので、アカウントの権限でmkdir出来る位置にディレクトリを作ってマウントすることにした。
いろんなaliasを変えなくては。

tmuxのおすすめページ

参考URL
tmuxを使い始めたので基本的な機能の使い方とかを整理してみた - 完熟トマト http://kanjuku-tomato.blogspot.jp/2014/02/tmux.html

綺麗なくらいにまとまっていた。
言うこと無い気がする。

2.tmux - Hiroaki Yoshioka's page
https://sites.google.com/a/dpac.dpri.kyoto-u.ac.jp/yoshioka/tips/tmux

インストールの類は自分のページで。

Macでアカウントにroot権限を与える

参考URL
Mac でルートユーザを有効にする方法 - Apple サポート
https://support.apple.com/ja-jp/HT204012

まさにこの通りだった。笑
この作業をする前のステータスが”管理者”になっているアカウントであったとしても、この作業をしないとroot権限のコマンドは入らない。
もともとのパスワードと、root権限を与える際に設定するパスワードは同じでも構わない。

Macportsでtreeコマンドをインストール

参考URL
Macでtreeコマンド - Qiita http://qiita.com/kanuma1984/items/c158162adfeb6b217973

間が空いた。サボっていたわけではない。笑
treeコマンドってデフォルトで入っていないんだと反省して。
参考HPは、homebrewなので、macportsで入れた。

\$ sudo port install tree
そのままtreeと打ち込むと文字化けすることが多い？ので、オプションNを付けて

\$ tree -N

と使うほうが無難な気がする。

注意：もっと細かい階層まで出るよ

> hoge.txtとかして、出力させると便利。

MacBook Airのバッテリーを交換した

色んな人に迷惑をかけていた、「Macのバッテリー壊れている問題。」
supervisorからアマゾンのセールで交換用バッテリーがあるよとメールを頂いたのですぐに購入。交換した。
ベンチマークとか取っておけばよかったな。。。

Amazon | SLODA 交換用バッテリーAPPLE用MacBook Air 13 Inch A1405 A1466 A1496 A1377 2012 MacBook Air "Core i5" 1.6 "Core i7" 1... https://www.amazon.co.jp/gp/product/B01A6N9Y98/ref=oh_aui_detailpage_o01_s00?ie=UTF8&psc=1

バッテリーが壊れていた…認識していなかったばつ印がついていた修理交換が必要と出ていた…ので困ったことは

• コンセントが外れると同時に電源OFF→つまり常にコンセントをつけていないといけない
• バッテリーが認識されていない状態なので、システム上コンセントがつながっていると認識されない(?)ので、OSのアップデートが出来ない。

というわけで、交換した。
詳細は下記の参考HPなど、検索すれば出てくる。
注意が必要なのは重複があるが

• 買ったタイミングやサイズによって、バッテリーの型番が異なるので調べること
• 裏蓋を止めているネジと、バッテリーを止めているネジの形は違うこと

このMacBook Air4年目にしてバッテリー交換、とエアダスターを使ってホコリ取り。
ファンについたホコリを完全除去は不可能だった。
けど、この作業で劇的に動きがスムーズになった。
ベンチマーク取っていないけど、CPUが無駄に動いていない感じ。←アクティビティモニタとか
Appleで公式の方法で交換すると高いから、慣れているならこの方法の方がいいかも。。。
新しいMacBook Pro買うのやーめた。笑

参考URL
MacBook Airのバッテリーを自分で交換してみた！とっても快適に！ - なまけるのに飽きるまで-格安SIM・スマホを使い倒す
http://namakeru.com/entry/MacBook_Air%E3%81%AE%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%86%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%92%E8%87%AA%E5%88%86%E3%81%A7%E4%BA%A4%E6%8F%9B

Macports2.4.1でncviewがインストールできない問題

MacPortsを2.4.1にバージョンアップしたら、ncviewとnclが動かなくなって、nclは入れ直すだけで何とかなったけど、ncviewは動かない。
検索してもなかなか出てこない。
twitterで
Yoichi Kawamotoさんのツイート: "MacPortsのudunitsが2.2.24_2にアップデートされてncarg (ncl) のインストールの問題も無事解決。ncviewはlibudunits2.aが見付からない... https://twitter.com/you_ichi/status/835719313281568770

そんなのどこに書いてあるんだろうと

\$ sudo port install ncview
Password:
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
Error: Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
Error: Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
Error: See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details. ←これだ
Error: Follow https://guide.macports.org/#project.tickets to report a bug.
Error: Processing of port ncview failed

ということで

\$ tail /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log

***********************************************************************************************

:info:configure checking for /opt/local/lib/libudunits2.a... no

:info:configure Error: user specified udunits2 library directory does not have libudunits2.a ! ←これだ

:info:configure Command failed: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1" && ./configure --prefix=/opt/local --with-netcdf_incdir=/opt/local/include --with-netcdf_libdir=/opt/local/lib --with-bindir=/opt/local/bin --with-udunits2_incdir=/opt/local/include/udunits2 --with-udunits2_libdir=/opt/local/lib --with-png_incdir=/opt/local/include --with-png_libdir=/opt/local/lib --with-x
:info:configure Exit code: 255
:error:configure Failed to configure ncview, consult /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/work/ncview-2.1.1/config.log
:error:configure Failed to configure ncview: configure failure: command execution failed
:debug:configure Error code: NONE
:debug:configure Backtrace: configure failure: command execution failed
:debug:configure while executing
:debug:configure "$procedure $targetname"
:error:configure See /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_science_ncview/ncview/main.log for details.

***********************************************************************************************

ホントだ。

つぶやきどおりリンクをはってみよう。

\$ sudo ln -sf /opt/local/lib/libudunits2.dylib /opt/local/lib/libudunits2.a
\$ sudo port install ncview
---> Computing dependencies for ncview
---> Configuring ncview
---> Building ncview
---> Staging ncview into destroot
---> Installing ncview @2.1.1_11
---> Activating ncview @2.1.1_11
---> Cleaning ncview
---> Updating database of binaries
---> Scanning binaries for linking errors
---> No broken files found.

できた！

結構苦労してしまった。ちゃんとログは見ましょう。

MacportsでのPython環境

macportsでpythonのnetcdfモジュールをいれたはずなのに何回やっても、no moduleになったのは何でかと思って2,3日格闘した結果…
標準使用のpythonが、macportsでインストールされたものではなくて、もともとmacに入ってるやつ"/usr/bin/python"になっているせいだということが分かった。
ので、標準をmacportsでインストールしたものに設定するコマンド。

sudo port select --set python python27

参考URL

MacでPython環境を作る時に気をつける事 - Qiita

MacPorts あれこれ - Qiita

macvimのオプション

macvimのオプション一覧。

-hで表示される。

使用法: vim [引数] [ファイル..] あるファイルを編集する
もしくは: vim [引数] - 標準入力からテキストを読込む
もしくは: vim [引数] -t タグ タグが定義されたところから編集する
もしくは: vim [引数] -q [errorfile] 最初のエラーで編集する

引数:
-- このあとにはファイル名だけ
-g GUIで起動する ("gvim" と同じ)
-f or --nofork フォアグラウンド: GUIを始めるときにforkしない
-v Viモード ("vi" と同じ)
-e Exモード ("ex" と同じ)
-E 改良Exモード
-s サイレント(バッチ)モード ("ex" 専用)
-d 差分モード ("vidiff" と同じ)
-y イージーモード ("evim" と同じ, モード無)
-R 読込専用モード ("view" と同じ)
-Z 制限モード ("rvim" と同じ)
-m 変更 (ファイル保存時) をできないようにする
-M テキストの編集を行なえないようにする
-b バイナリモード
-l Lispモード
-C Vi互換モード: 'compatible'
-N Vi非互換モード: 'nocompatible
-V[N][fname] ログ出力設定 [レベル N] [ログファイル名 fname]
-D デバッグモード
-n スワップファイルを使用せずメモリだけ
-r スワップファイルを列挙し終了
-r (ファイル名) クラッシュしたセッションを復帰
-L -rと同じ
-A アラビア語モードで起動する
-H ヘブライ語モードで起動する
-F ペルシア語モードで起動する
-T <terminal> 端末を <terminal> に設定する
--not-a-term 入出力が端末でないとの警告をスキップする
--ttyfail Exit if input or output is not a terminal
-u <vimrc> .vimrcの代わりに <vimrc> を使う
-U <gvimrc> .gvimrcの代わりに <gvimrc> を使う
--noplugin プラグインスクリプトをロードしない
-p[N] N 個タブページを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-o[N] N 個ウィンドウを開く(省略値: ファイルにつき1個)
-O[N] -oと同じだが垂直分割
+ ファイルの最後からはじめる
+<lnum> <lnum> 行からはじめる
--cmd <command> vimrcをロードする前に <command> を実行する
-c <command> 最初のファイルをロード後 <command> を実行する
-S <session> 最初のファイルをロード後ファイル <session> を取込む
-s <scriptin> ファイル <scriptin> からノーマルコマンドを読込む
-w <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に追加する
-W <scriptout> 入力した全コマンドをファイル <scriptout> に保存する
-x 暗号化されたファイルを編集する
--remote <files> 可能ならばVimサーバーで <files> を編集する
--remote-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-wait <files> --remote後 ファイルの編集が終わるのを待つ
--remote-wait-silent <files> 同上, サーバーが無くても警告文を出力しない
--remote-tab[-wait][-silent] <files> --remoteでファイル1つにつき1つのタブページを開く
--remote-send <keys> Vimサーバーに <keys> を送信して終了する
--remote-expr <expr> サーバーで <expr> を実行して結果を表示する
--serverlist Vimサーバー名の一覧を表示して終了する
--servername <name> Vimサーバー <name> に送信/名前設定する
--startuptime <file> 起動にかかった時間の詳細を <file> へ出力する
-i <viminfo> .viminfoの代わりに <viminfo> を使う
-h or --help ヘルプ(このメッセージ)を表示し終了する
--version バージョン情報を表示し終了する